tugrulkaya/Turkish-clinicalNER

✅ Correct Examples:
- "Hasta [şiddetli baş ağrısı]_DISEASE şikayetiyle başvurdu."
  (Patient presented with [severe headache]_DISEASE complaint.)
- "[Tip 2 DM]_DISEASE tanısı mevcut."
  ([Type 2 DM]_DISEASE diagnosis present.)
- "Akciğer bazallerinde [ral]_DISEASE duyuldu."
  ([Rales]_DISEASE heard at lung bases.)
- "[Akut miyokard infarktüsü]_DISEASE ön tanısı konuldu."
  (Preliminary diagnosis of [acute myocardial infarction]_DISEASE.)

❌ Incorrect Examples:
- "Ateş yok" → fever NOT tagged (negation)
- "Kalp sesleri doğal" → NOT tagged (normal finding)
- "[Tip 2 diyabet tanısı]_DISEASE" → "tanısı" should not be included

Option 1 (Simple - Preferred): [Sol alt lob pnömonisi]_DISEASE (single entity)
Option 2 (Detailed): [Sol alt lob]_ANATOMICAL [pnömonisi]_DISEASE (separate)

→ This project uses Option 1 (simple approach) for V1.

✅ Correct Examples:
- "[Metformin]_MEDICATION [1000 mg]_DOSAGE [2x1]_DOSAGE başlandı."
  ([Metformin]_MEDICATION [1000 mg]_DOSAGE [twice daily]_DOSAGE started.)
- "[Aspirin]_MEDICATION kesildi."
  ([Aspirin]_MEDICATION discontinued.)
- "Hastaya [ramipril]_MEDICATION önerildi."
  ([Ramipril]_MEDICATION recommended to patient.)

❌ Incorrect Examples:
- "Antibiyotik tedavisi planlandı" → general expression, NOT tagged
- "[Metformin 1000 mg]_MEDICATION" → dosage should be separate
- "Antihipertansif başlandı" → not specific enough

Correct format:
[Drug_name]_MEDICATION [amount]_DOSAGE [frequency]_DOSAGE [duration]_DOSAGE [route]_DOSAGE

Example:
[Amoksisilin]_MEDICATION [500 mg]_DOSAGE [3x1]_DOSAGE [oral]_DOSAGE [7 gün]_DOSAGE

✅ Correct Examples:
- "[Parasetamol]_MEDICATION [500 mg]_DOSAGE [3x1]_DOSAGE [oral]_DOSAGE"
- "[5 gün]_DOSAGE süreyle kullanılacak" (to be used for [5 days]_DOSAGE)
- "[IV]_DOSAGE yoldan uygulandı" (administered via [IV]_DOSAGE route)
- "[Aç karnına]_DOSAGE alınacak" (to be taken [on empty stomach]_DOSAGE)

❌ Incorrect Examples:
- "Yüksek doz" (high dose) → vague, NOT tagged
- "Uygun dozda" (appropriate dose) → vague, NOT tagged

✅ Correct Examples:
- "[Sol akciğer]_ANATOMICAL bazalinde ral mevcut."
  (Rales present at [left lung]_ANATOMICAL base.)
- "[Karın]_ANATOMICAL muayenesinde hassasiyet var."
  (Tenderness on [abdominal]_ANATOMICAL examination.)
- "[Sağ alt kadran]_ANATOMICAL ağrısı mevcut."
  ([Right lower quadrant]_ANATOMICAL pain present.)

❌ Incorrect Examples:
- "Sistemik muayene" → too general
- "Genel durum" → not anatomical

✅ Correct Examples:
- "[Toraks BT]_PROCEDURE çekildi." ([Chest CT]_PROCEDURE performed.)
- "Hastaya [laparoskopik kolesistektomi]_PROCEDURE yapıldı."
  ([Laparoscopic cholecystectomy]_PROCEDURE performed.)
- "[EKG]_PROCEDURE'de ST elevasyonu görüldü."
  (ST elevation seen on [ECG]_PROCEDURE.)
- "[Hemogram]_PROCEDURE ve [biyokimya]_PROCEDURE istendi."

❌ Incorrect Examples:
- "Tetkikleri istendi" → general, NOT tagged
- "Görüntülemesi var" → not specific

Test name + value tagged together:
✅ [HbA1c: 7.2]_LABORATORY
✅ [WBC: 15000/mm³]_LABORATORY
✅ [TA: 140/90 mmHg]_LABORATORY

Qualitative only:
✅ CRP [pozitif]_LABORATORY
✅ Sedimentasyon [yüksek]_LABORATORY

✅ Correct Examples:
- "[WBC: 15000/mm³]_LABORATORY saptandı."
- "[HbA1c %8.5]_LABORATORY ile diyabet regülasyonu kötü."
- "Troponin [pozitif]_LABORATORY bulundu."
- "[TA: 160/100 mmHg]_LABORATORY ölçüldü."
- "BT'de [sağ alt lobda konsolidasyon]_LABORATORY görüldü."

❌ Incorrect Examples:
- "Laboratuvar değerleri normal" → not specific
- "Tetkikleri normal sınırlarda" → not specific

✅ Correct Examples:
- "[3 gündür]_TEMPORAL devam eden ateş" (fever ongoing for [3 days]_TEMPORAL)
- "[2019 yılından]_TEMPORAL beri diyabet tanılı" (diabetic since [2019]_TEMPORAL)
- "Şikayetler [son 1 haftada]_TEMPORAL arttı" (complaints increased in [last 1 week]_TEMPORAL)
- "[Dün gece]_TEMPORAL başlayan göğüs ağrısı" (chest pain starting [last night]_TEMPORAL)

❌ Incorrect Examples:
- "Uzun süredir" (for a long time) → vague
- "Bir süredir" (for some time) → vague

✅ Correct Examples:
- "[45 yaşında erkek]_PATIENT hasta başvurdu."
  ([45-year-old male]_PATIENT patient presented.)
- "Hasta [20 paket/yıl sigara]_PATIENT öyküsü mevcut."
  (Patient has [20 pack-year smoking]_PATIENT history.)
- "[G2P1]_PATIENT gebe hasta." ([G2P1]_PATIENT pregnant patient.)
- "[Emekli madenci]_PATIENT hastada silikozis şüphesi."
  (Silicosis suspected in [retired miner]_PATIENT patient.)

❌ Incorrect Examples:
- "Hasta" alone → NOT tagged
- "Bilinç açık" (conscious) → examination finding, not patient characteristic

Text: "45 yaşında erkek hasta 3 gündür şiddetli baş ağrısı şikayetiyle başvurdu"
(45-year-old male patient presented with severe headache complaint for 3 days)

Token:     45       yaşında  erkek   hasta  3      gündür   şiddetli  baş     ağrısı  şikayetiyle  başvurdu
BIO Tag:   B-PAT    I-PAT    I-PAT   O      B-TEM  I-TEM    B-DIS     I-DIS   I-DIS   O            O

Example tokenization:
"HbA1c: 7.2%" → ["HbA1c", ":", "7.2", "%"] or ["HbA1c:", "7.2%"]

Recommended: ["HbA1c", ":", "7.2", "%"] (detailed tokenization)

✅ "[Tip 2 diyabet]_DISEASE tanısı var" ([Type 2 diabetes]_DISEASE diagnosis present)
❌ "[Tip 2 diyabet tanısı]_DISEASE var"

✅ "[Metformin]_MEDICATION tedavisi alıyor" (receiving [Metformin]_MEDICATION therapy)
❌ "[Metformin tedavisi]_MEDICATION alıyor"

✅ "[Kronik obstrüktif akciğer hastalığı]_DISEASE" (Chronic obstructive pulmonary disease)
❌ "[Kronik]_? [obstrüktif akciğer hastalığı]_DISEASE"

✅ "[Laparoskopik kolesistektomi]_PROCEDURE"
❌ "[Laparoskopik]_? [kolesistektomi]_PROCEDURE"

✅ [şiddetli baş ağrısı]_DISEASE (severe headache)
✅ [akut miyokard infarktüsü]_DISEASE (acute myocardial infarction)
✅ [sol akciğer]_ANATOMICAL (left lung)
✅ [kronik böbrek yetmezliği]_DISEASE (chronic kidney failure)

❌ "Ateş yok" (no fever) → fever NOT tagged
❌ "Öksürük şikayeti bulunmamaktadır" (no cough complaint) → cough NOT tagged
❌ "DM tanısı yoktur" (no DM diagnosis) → DM NOT tagged
❌ "Baş ağrısı tarif etmiyor" (does not describe headache) → headache NOT tagged

✅ "Ailede [diyabet]_DISEASE öyküsü yok" (no family history of [diabetes]_DISEASE) → acceptable
✅ "Geçirilmiş [MI]_DISEASE öyküsü sorgulandı, yoktu" (history of [MI]_DISEASE inquired, negative) → acceptable

✅ "[Pnömoni]_DISEASE şüphesi ile yatırıldı" (admitted with suspicion of [pneumonia]_DISEASE)
✅ "Olası [akut koroner sendrom]_DISEASE" (probable [acute coronary syndrome]_DISEASE)
✅ "[Apandisit]_DISEASE ekarte edilemedi" ([appendicitis]_DISEASE could not be ruled out)
✅ "Ayırıcı tanıda [pankreatit]_DISEASE düşünüldü" ([pancreatitis]_DISEASE considered in differential)

✅ "[Ateş]_DISEASE ve [öksürük]_DISEASE şikayeti var"
   ([Fever]_DISEASE and [cough]_DISEASE complaint present)
✅ "[Metformin]_MEDICATION ve [gliklazid]_MEDICATION kullanıyor"
   (Using [Metformin]_MEDICATION and [gliclazide]_MEDICATION)
✅ "[Karaciğer]_ANATOMICAL ve [dalak]_ANATOMICAL normal"

❌ "[Ateş ve öksürük]_DISEASE" → INCORRECT
❌ "[Metformin ve gliklazid]_MEDICATION" → INCORRECT

✅ "[DM]_DISEASE tanılı hasta" ([DM]_DISEASE diagnosed patient)
✅ "[Diyabetes mellitus]_DISEASE tanılı hasta"

Text: "Sol akciğer alt lob pnömonisi" (Left lower lobe pneumonia)

Flat Approach (V1 - Preferred):
→ [Sol akciğer alt lob pnömonisi]_DISEASE

Nested Approach (V2 - Future):
→ [[Sol akciğer alt lob]_ANATOMICAL pnömonisi]_DISEASE

Text: "Sağ ve sol akciğerde ral duyuldu" (Rales heard in right and left lung)

→ [Sağ]_ANATOMICAL ve [sol akciğerde]_ANATOMICAL [ral]_DISEASE duyuldu

Text: "Karaciğer ve dalak büyük palpe edildi" (Liver and spleen palpated enlarged)

→ [Karaciğer]_ANATOMICAL ve [dalak]_ANATOMICAL büyük palpe edildi

┌─────────────────────────────────────┐
│ STEP 1: Read Text Completely        │
│ - Understand context                │
│ - Grasp overall structure           │
└──────────────┬──────────────────────┘
               ▼
┌─────────────────────────────────────┐
│ STEP 2: First Pass                  │
│ - DISEASE (most prominent)          │
│ - MEDICATION (easy to identify)     │
└──────────────┬──────────────────────┘
               ▼
┌─────────────────────────────────────┐
│ STEP 3: Second Pass                 │
│ - ANATOMICAL_LOCATION               │
│ - PROCEDURE                         │
│ - LABORATORY                        │
└──────────────┬──────────────────────┘
               ▼
┌─────────────────────────────────────┐
│ STEP 4: Third Pass                  │
│ - TEMPORAL                          │
│ - PATIENT_CHARACTERISTIC            │
│ - DOSAGE                            │
└──────────────┬──────────────────────┘
               ▼
┌─────────────────────────────────────┐
│ STEP 5: Negation Check              │
│ - Remove negated entities           │
│ - Check exceptions                  │
└──────────────┬──────────────────────┘
               ▼
┌─────────────────────────────────────┐
│ STEP 6: Final Review                │
│ - Boundary consistency              │
│ - Missing entity check              │
│ - Tag accuracy                      │
└─────────────────────────────────────┘

IAA Calculation:
- Entity exact match: Strict F1
- Entity partial match: Relaxed F1
- Token level: Cohen's Kappa

45 yaşında erkek hasta, 3 gündür devam eden şiddetli göğüs ağrısı 
şikayetiyle acil servise başvurdu. Özgeçmişinde tip 2 DM ve HT mevcut. 
Metformin 1000 mg 2x1 ve ramipril 5 mg 1x1 kullanıyormuş. Sigara: 25 
paket/yıl. Yapılan EKG'de V1-V4'te ST elevasyonu saptandı. 
Troponin I: 2.5 ng/mL (normal <0.04) bulundu. TA: 150/95 mmHg. 
Akut anterior MI ön tanısıyla kardiyolojiye yatırıldı.

45-year-old male patient presented to emergency department with severe 
chest pain ongoing for 3 days. Past medical history includes type 2 DM 
and HT. Using Metformin 1000 mg twice daily and ramipril 5 mg once daily. 
Smoking: 25 pack-years. ECG showed ST elevation in V1-V4. 
Troponin I: 2.5 ng/mL (normal <0.04). BP: 150/95 mmHg. 
Admitted to cardiology with preliminary diagnosis of acute anterior MI.

[45 yaşında erkek]_PATIENT hasta, [3 gündür]_TEMPORAL devam eden 
[şiddetli göğüs ağrısı]_DISEASE şikayetiyle acil servise başvurdu. 
Özgeçmişinde [tip 2 DM]_DISEASE ve [HT]_DISEASE mevcut. 
[Metformin]_MEDICATION [1000 mg]_DOSAGE [2x1]_DOSAGE ve [ramipril]_MEDICATION 
[5 mg]_DOSAGE [1x1]_DOSAGE kullanıyormuş. [Sigara: 25 paket/yıl]_PATIENT. 
Yapılan [EKG]_PROCEDURE'de [V1-V4'te ST elevasyonu]_LABORATORY saptandı. 
[Troponin I: 2.5 ng/mL]_LABORATORY bulundu. [TA: 150/95 mmHg]_LABORATORY. 
[Akut anterior MI]_DISEASE ön tanısıyla kardiyolojiye yatırıldı.

45          B-PAT
yaşında     I-PAT
erkek       I-PAT
hasta       O
,           O
3           B-TEM
gündür      I-TEM
devam       O
eden        O
şiddetli    B-DIS
göğüs       I-DIS
ağrısı      I-DIS
...

62 yaşında kadın hasta, 2 haftadır olan halsizlik ve nefes darlığı 
şikayetiyle başvurdu. Bilinen KOAH ve KKY tanıları var. Düzenli 
spiriva 18 mcg 1x1 inhaler ve furosemid 40 mg 1x1 kullanıyor. 
Muayenede her iki akciğer bazalinde ince raller duyuldu. 
Pretibial ödem +2. SpO2: %89. PAAG'de kardiyomegali ve pulmoner 
venöz konjesyon izlendi. KKY alevlenmesi düşünüldü.

62-year-old female patient presented with weakness and shortness of breath 
for 2 weeks. Known diagnoses of COPD and CHF. Regularly using spiriva 
18 mcg once daily inhaler and furosemide 40 mg once daily. 
Examination revealed fine rales at both lung bases. 
Pretibial edema +2. SpO2: 89%. Chest X-ray showed cardiomegaly and 
pulmonary venous congestion. CHF exacerbation considered.

[62 yaşında kadın]_PATIENT hasta, [2 haftadır]_TEMPORAL olan 
[halsizlik]_DISEASE ve [nefes darlığı]_DISEASE şikayetiyle başvurdu. 
Bilinen [KOAH]_DISEASE ve [KKY]_DISEASE tanıları var. Düzenli 
[spiriva]_MEDICATION [18 mcg]_DOSAGE [1x1]_DOSAGE [inhaler]_DOSAGE ve 
[furosemid]_MEDICATION [40 mg]_DOSAGE [1x1]_DOSAGE kullanıyor. Muayenede 
[her iki akciğer bazalinde]_ANATOMICAL [ince raller]_DISEASE duyuldu. 
[Pretibial ödem +2]_DISEASE. [SpO2: %89]_LABORATORY. 
[PAAG]_PROCEDURE'de [kardiyomegali]_LABORATORY ve 
[pulmoner venöz konjesyon]_LABORATORY izlendi. 
[KKY alevlenmesi]_DISEASE düşünüldü.

Hasta ateş, öksürük, balgam şikayeti tarif etmiyor. Göğüs ağrısı yok. 
Nefes darlığı mevcut. Ailede diyabet öyküsü sorgulandı, yok. 
Sigara kullanmıyor. Muayenede ral ronküs yok. Batın rahat, defans yok.

Patient does not describe fever, cough, sputum complaints. No chest pain. 
Shortness of breath present. Family history of diabetes inquired, negative. 
Does not smoke. No rales or rhonchi on examination. Abdomen soft, no guarding.

Hasta ateş, öksürük, balgam şikayeti tarif etmiyor. Göğüs ağrısı yok. 
[Nefes darlığı]_DISEASE mevcut. Ailede [diyabet]_DISEASE öyküsü 
sorgulandı, yok. Sigara kullanmıyor. Muayenede ral ronküs yok. 
[Batın]_ANATOMICAL rahat, defans yok.

{
    "id": "string",           # Unique identifier (e.g., "clinical_001")
    "text": "string",         # Original clinical text in Turkish
    "tokens": ["string"],     # Tokenized text
    "ner_tags": ["string"],   # BIO tags for each token
    "metadata": {
        "source": "string",   # Data source (synthetic, textbook, etc.)
        "department": "string", # Medical department
        "document_type": "string", # Document type
        "annotator_id": "string",  # Annotator identifier
        "annotation_date": "string" # ISO date format
    }
}

{
    "id": "clinical_001",
    "text": "45 yaşında erkek hasta, 3 gündür şiddetli baş ağrısı şikayetiyle başvurdu.",
    "tokens": ["45", "yaşında", "erkek", "hasta", ",", "3", "gündür", "şiddetli", "baş", "ağrısı", "şikayetiyle", "başvurdu", "."],
    "ner_tags": ["B-PAT", "I-PAT", "I-PAT", "O", "O", "B-TEM", "I-TEM", "B-DIS", "I-DIS", "I-DIS", "O", "O", "O"],
    "metadata": {
        "source": "synthetic",
        "department": "emergency",
        "document_type": "admission_note",
        "annotator_id": "ann_001",
        "annotation_date": "2025-01-15"
    }
}