CoolFace
Datasetpublic

anway/Spatial-omics-dataset-h5ad

Dataset Card for Spatial Transcriptomics Collection Dataset Summary 本数据集汇集了空间转录组领域的两项重要研究数据。所有数据均已转换为标准的 .h5ad (AnnData) 格式，并包含空间坐标信息（adata.obsm['spatial']）。 MAGIC-seq (Nature Genetics, 2024): 提供小鼠发育过程中的全景空间转录组图谱。 Cerebellum Multi-Omics (Cell, 2024): 提供小鼠小脑的多组学空间数据（转录组、蛋白质组、代谢组）。 Dataset Structure MAGIC-seq Developmental Atlas 文件名 描述 空间分辨率 Mouse_Embryo_M9_150_20um_adata_E17_annotation.h5ad E17.5 胚胎全身切片 (3.4GB) 20 µm… See the full description on the dataset page: https://huggingface.co/datasets/anway/Spatial-omics-dataset-h5ad.

sourceHugging Facemitupdated 9mo agoView on Hugging Face
0likes123downloads
Dataset Card

Dataset Card for Spatial Transcriptomics Collection

Dataset Summary

本数据集汇集了空间转录组领域的两项重要研究数据。所有数据均已转换为标准的 .h5ad (AnnData) 格式，并包含空间坐标信息（adata.obsm['spatial']）。

  1. 1.MAGIC-seq (Nature Genetics, 2024): 提供小鼠发育过程中的全景空间转录组图谱。
  2. 2.Cerebellum Multi-Omics (Cell, 2024): 提供小鼠小脑的多组学空间数据（转录组、蛋白质组、代谢组）。

Dataset Structure

MAGIC-seq Developmental Atlas

文件名描述空间分辨率
Mouse_Embryo_M9_150_20um_adata_E17_annotation.h5adE17.5 胚胎全身切片 (3.4GB)20 µm
Mouse_Embryo_M9_150_20um_adata_P0_annotation.h5adP0 新生小鼠全身切片20 µm
Mouse_Embryo_M9_150_20um_adata_P4_annotation.h5adP4 幼鼠全身切片20 µm

Cerebellum Collection

文件名类型描述
Cerebellum-MAGIC-seq.h5ad转录组空间转录组数据 (365MB)
Cerebellum-PLATO.h5ad蛋白质组空间蛋白质组数据
Cerebellum-MALDI-MSI.h5ad代谢组空间代谢组数据

Usage

你可以直接通过以下方式在 h5adViewer 中加载这些数据。

方法 A: 在网页版直接输入 URL

复制本仓库中文件的 "resolve" 链接，例如： https://huggingface.co/datasets/你的用户名/仓库名/resolve/main/Cerebellum-MAGIC-seq.h5ad

方法 B: 使用 huggingface_hub 下载

from huggingfacehub import hfhubdownload filepath = hfhubdownload(repoid="你的用户名/仓库名", filename="Cerebellum-MAGIC-seq.h5ad", repotype="dataset")