Evenli2026/uce-spleen-mechanistic-logic

Rad54b-KO 五模块机制逻辑（计划书 + scRNA KO vs WT 趋势）

Quick answers

1. 1.整体实验逻辑是否合理？ 是——作为可检验假说程序成立（DNA damage → STING/IFN → emergency granulopoiesis → neutrophilia/LDG → NETosis/SLE）。 不是“已被 scRNA 证明的因果链”。

1. 1.单细胞上有没有对应的 KO vs WT 趋势？ 部分有：
2. 2.强： neutrophilia（Granulocyte log2FC ≈ +2.66；Neutrophil 主导）
3. 3.部分： LDG-like ↑（非唯一驱动）；Csf3/Cxcl2/Tnf 转录提示
4. 4.无/未确认： IFN signature；STING 依赖；Gran 上 emergency score；NETosis/自身抗体

详见 KO_vs_WT_scRNA_trend_map.md 与 tables/KO_vs_WT_logic_trend_map.csv。

Verdict (English)

• —Narrative chain = valid hypothesis program.
• —Causal proof not established from scRNA alone.
• —Strongest scRNA claim: KO splenic neutrophil expansion (directional large effect; BH-FDR=0.26).
• —IFN signature: not confirmed.

Key files

• —KO_vs_WT_scRNA_trend_map.md — logic vs scRNA trend mapping
• —tables/KO_vs_WT_logic_trend_map.csv — machine-readable map
• —MECHANISTIC_LOGIC_PLAN.md — full roadmap
• —MECHANISTIC_LOGIC_CRITICAL_REVIEW.md — skills-based critical review
• —tables/module_status.json — status flags
• —figures/FigModule1_* — Module 1 checklist
• —figures/FigModule_proxies_heatmap.* — transcriptional proxies (NOT causal proof)
• —figures/FigModule4_cytokine_proxy.* — Csf3/Cxcl2/Tnf hints
• —mechanistic_logic_module1.py — regeneration script

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