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Atsushi/fungi_indexed_mycological_papers_japanese

fungi_indexed_mycological_papers_japanese 大菌輪「論文3行まとめ」データセット最終更新日：2026/8/29（R3-14214まで） Languages Japanese This dataset is available in Japanese only. 概要 / Overview 大菌輪は、Atsushi Nakajima（中島淳志）が個人で運営しているWebサイトです。ここでは、数千件以上の菌類分類学論文を「論文3行まとめ」という形で要約および索引付け（インデキシング）した情報を提供しています。 Daikinrin is a personal website operated by Atsushi Nakajima. It provides summaries and indexed information for thousands of mycological taxonomic papers in the form of… See the full description on the dataset page: https://huggingface.co/datasets/Atsushi/fungi_indexed_mycological_papers_japanese.

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fungiindexedmycologicalpapersjapanese 大菌輪「論文3行まとめ」データセット 最終更新日：2026/8/29（R3-14214まで） ====

Languages

Japanese

This dataset is available in Japanese only.

概要 / Overview

大菌輪は、Atsushi Nakajima（中島淳志）が個人で運営しているWebサイトです。ここでは、数千件以上の菌類分類学論文を「論文3行まとめ」という形で要約および索引付け（インデキシング）した情報を提供しています。

Daikinrin is a personal website operated by Atsushi Nakajima. It provides summaries and indexed information for thousands of mycological taxonomic papers in the form of "Three-line Paper Summaries."

本データセットは、「論文3行まとめ」のコンテンツに含まれる以下の情報をまとめたものです：

  • —各論文の3行抄録
  • —タグ（索引）
  • —掲載種一覧
  • —比較種一覧

This dataset compiles the following information from the "Three-line Paper Summaries":

  • —Three-line abstracts for each paper
  • —Tags (index terms)
  • —List of reported species
  • —List of compared species

「論文3行まとめ」は毎日更新していますが、本データセットの更新はおおむね1ヶ月に一度とする予定です。

While the "Three-line Paper Summaries" are updated daily, this dataset will be updated approximately once a month.

また、本データセットを可視化したWebアプリをObservableで公開しています。

Additionally, a web application visualizing this dataset is published on Observable.

関連データセット / Related Datasets

  1. 1.「識別形質まとめ」 / "Summary of Diagnostic Characters" Atsushi/fungi_diagnostic_chars_comparison_japanese
  1. 1.「Trait Circusデータセット」（統制形質） / "Trait Circus Dataset" (Controlled Traits) Atsushi/fungi_trait_circus_database

各カラムの説明 / Column Descriptions

カラム名<br>Column Name説明<br>Description
R3ID大菌輪「論文3行まとめ」のID<br>ID for Daikinrin "Three-line Paper Summary"
jatitleprovisional_translate仮訳和文題名。作成者が翻訳したタイトル。一部、日本語の原題があるものはそれをそのまま使用。<br>Provisional Japanese title translation. Translated by the dataset creator. Where available, original Japanese titles are used directly.
original_title原文題名<br>Original title
published_year出版年<br>Publication year
journal_title雑誌名<br>Journal title
source文献リンク。各情報の出典（文献）のURL。<br>Literature link. URL of the source (literature) for each piece of information.
daikinrin_url大菌輪「論文3行まとめ」のURL<br>URL of the Daikinrin "Three-line Paper Summary"
tags作成者が論文を全文読んだ上で独自に付与した索引。カンマ+半角空白区切り。形態形質、宿主/基質、実験器具/実験手法/試薬、地理的分布、生理/生化学などを幅広く索引。<br>Index terms uniquely assigned by the dataset creator after reading the full paper. Comma + single-space separated. Covers a wide range of topics including morphological traits, hosts/substrates, experimental equipment/methods/reagents, geographical distribution, physiology/biochemistry, etc.
R3summary_13行抄録の「1行目」<br>"First line" of the three-line abstract
R3summary_23行抄録の「2行目」<br>"Second line" of the three-line abstract
R3summary_33行抄録の「3行目」<br>"Third line" of the three-line abstract
species_reported報告種一覧。当該論文内で掲載された種の一覧。「半角空白+半角スラッシュ+半角空白」区切り。<br>List of reported species. List of species mentioned in the paper. Single-space + forward slash + single-space separated.
species_compared比較種一覧。いずれかの報告種と論文中で何らかの比較がなされた種の一覧。「半角空白+半角スラッシュ+半角空白」区切り。<br>List of compared species. List of species compared with any of the reported species in the paper. Single-space + forward slash + single-space separated.
taxon_reported分類群一覧。報告種に対応する上位分類群をまとめたもの。カンマ+半角空白区切り。MycoBankの情報を基に付与（最新でない可能性あり）。<br>List of taxa. Summary of higher taxa corresponding to the reported species. Comma + single-space separated. Based on MycoBank information (may not be up-to-date).

speciesreportedの記号の意味 / Meaning of symbols in speciesreported

  • —★：新種（新亜種・新品種・新変種）/ New species (new subspecies/variety/form)
  • —■：新産種 / New record
  • —▲：新組み合わせ / New combination
  • —◆：新学名 / New name
  • —●：新階級 / New rank
  • —（無印）：その他 / (No mark): Others

speciescomparedについて / About speciescompared

詳細は「識別形質まとめ」データセット（Atsushi/fungi_diagnostic_chars_comparison_japanese）を参照してください。