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ghh1125/scanpy

sourceHugging Facemitupdated 6mo agoView on Hugging Face
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App README

scanpy MCP Service

这是一个面向 scanpy 的 MCP 服务部署包，支持：

  • —本地 stdio（Claude Desktop / CLI）
  • —Docker / HuggingFace Spaces 的 http 传输

可用工具

  • —scanpy_health
  • —create_synthetic_adata
  • —load_h5ad
  • —preprocess_basic
  • —run_pca_neighbors_umap
  • —run_leiden
  • —rank_marker_genes
  • —adapter_call_function

详见 scanpy/mcp_output/README_MCP.md。

本地 stdio 连接

bash
cd scanpy/mcp_output
python mcp_plugin/main.py

或：

bash
MCP_TRANSPORT=stdio python scanpy/mcp_output/start_mcp.py

HTTP 客户端连接

bash
MCP_TRANSPORT=http MCP_PORT=8000 python scanpy/mcp_output/start_mcp.py

客户端连接地址：http://localhost:8000/mcp

Docker / HF Spaces

该部署默认使用 7860 端口并直接启动 FastMCP HTTP 服务：

bash
python scanpy/mcp_output/start_mcp.py

在 HuggingFace Spaces 上，客户端连接：https://<your-space-host>/mcp。