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IMI-HD/pathology-corpus-sample

This data set contains annotated samples of pathology nodes as described in our manuscript. They are part of the corpus that was used to train the models. We recommend using MedTator for viewing the files along with the dtd file published here.
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2<PathologyFindingsAnnotation>
3<TEXT><![CDATA[NACHBERICHT :                       Wie angekündigt, wurden noch immunhistochemische Zusatzuntersuchungen veranlasst. Die Ergebnisse liegen nun vor: der Gehalt an CD34- und CD117-positiven Blasten überschreitet dabei nicht 1 % aller kernhaltiger Zellen. Keine nukleär TdT-exprimierenden Zellelemente. CD61 bestätigt die praktisch komplett fehlende Megakaryopoese. Es sind aber auch keine Mikromegakaryozyten sichtbar. Eingestreut sind sehr viele CD3- exprimierende T-Lymphozyten und nur wenige CD20-exprimierende B-Lymphozyten. Dazu viele Plasmazellen, die aber keine Leichtkettenrestriktion (kappa, lambda) aufweisen. MPO markiert den nur rudimentär nachweisbaren Rest der Granulopoese. Die ebenfalls subtotal reduzierte Erythropoese sieht man in der GlycophorinC-Reaktion.  Nach Ausschluss einer (hypozellulären) hämatologischen Neoplasie und Infiltrat eines Lymphoms kommt somit abschließend eine aplastische Anämie in Betracht.  Im übrigen vergleiche den Erstbericht]]></TEXT>
4<TAGS>
5<Expression spans="163~167" text="CD34" id="E0"/>
6<Expression spans="173~178" text="CD117" id="E1"/>
7<PolaritySignal spans="179~188" text="positiven" id="P0" polarity="positive"/>
8<CellType spans="189~196" text="Blasten" id="Ce0" cell="blast" isTumor="Not mentioned"/>
9<QuantitySignal spans="217~226" text="nicht 1 %" id="Q0" quantity="&lt;1%"/>
10<Expression spans="268~271" text="TDT" id="E2"/>
11<PolaritySignal spans="254~259" text="keine" id="P1" polarity="negative"/>
12<Expression spans="301~305" text="CD61" id="E3"/>
13<PolaritySignal spans="339~347" text="fehlende" id="P2" polarity="negative"/>
14<Hematopoiesis spans="348~362" text="Megakaryopoese" id="H0" type="megakaryopoiesis"/>
15<PolaritySignal spans="382~387" text="keine" id="P3" polarity="negative"/>
16<CellType spans="388~407" text="Mikromegakaryozyten" id="Ce1" cell="mikromegakaryocyte" isTumor="Not mentioned"/>
17<Expression spans="446~449" text="CD3" id="E4"/>
18<AmountSignal spans="440~445" text="viele" id="A0" extensiveness="numerous" change=""/>
19<CellType spans="465~478" text="T-Lymphozyten" id="Ce2" cell="T cell" isTumor="Not mentioned"/>
20<AmountSignal spans="487~493" text="wenige" id="A1" extensiveness="few" change=""/>
21<Expression spans="494~498" text="CD20" id="E5"/>
22<CellType spans="513~526" text="B-Lymphozyten" id="Ce3" cell="B cell" isTumor="Not mentioned"/>
23<AmountSignal spans="533~538" text="viele" id="A2" extensiveness="numerous" change=""/>
24<CellType spans="539~551" text="Plasmazellen" id="Ce4" cell="plasma cell" isTumor="Not mentioned"/>
25<PolaritySignal spans="562~567" text="keine" id="P4" polarity="negative"/>
26<ClonalitySignal spans="568~591" text="Leichtkettenrestriktion" id="Cl0" clonality="light chain restriction" chain=""/>
27<ClonalitySignal spans="593~598" text="kappa" id="Cl1" clonality="" chain="kappa"/>
28<ClonalitySignal spans="600~606" text="lambda" id="Cl2" clonality="" chain="lambda"/>
29<Expression spans="619~622" text="MPO" id="E6"/>
30<Hematopoiesis spans="674~686" text="Granulopoese" id="H1" type="granulopoiesis"/>
31<AmountSignal spans="640~664" text="rudimentär nachweisbaren" id="A3" extensiveness="few" change=""/>
32<AmountSignal spans="711~721" text="reduzierte" id="A4" extensiveness="" change="decreased-hypocellular"/>
33<Hematopoiesis spans="722~734" text="Erythropoese" id="H2" type="erythropoiesis"/>
34<Expression spans="752~764" text="GlycophorinC" id="E7"/>
35<MalignancySignal spans="831~840" text="Neoplasie" id="M0" malignancy="malignant"/>
36<HematoDiagnosis spans="861~869" text="Lymphoms" id="He0" diagnosis=""/>
37<OtherDiagnosis spans="900~918" text="aplastische Anämie" id="O0"/>
38<PolaritySignal spans="781~791" text="Ausschluss" id="P5" polarity="negative"/>
39<CellAssociation spans="233~252" text="kernhaltiger Zellen" id="C0" type="nuclear bone marrow"/>
40<PolaritySignal spans="499~512" text="exprimierende" id="P6" polarity="positive"/>
41<PolaritySignal spans="623~631" text="markiert" id="P7" polarity="positive"/>
42<PolaritySignal spans="765~773" text="Reaktion" id="P8" polarity="positive"/>
43<AmountSignal spans="799~813" text="hypozellulären" id="A5" extensiveness="" change="increased-hypercellular"/>
44<PolaritySignal spans="451~464" text="exprimierende" id="P9" polarity="positive"/>
45</TAGS>
46<META/>
47</PathologyFindingsAnnotation>
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