IMI-HD/pathology-corpus-sample
This data set contains annotated samples of pathology nodes as described in our manuscript. They are part of the corpus that was used to train the models. We recommend using MedTator for viewing the files along with the dtd file published here.
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2<PathologyFindingsAnnotation>
3<TEXT><![CDATA[NACHBERICHT : Wie angekündigt, wurden noch immunhistochemische Untersuchungen veranlasst. Die Ergebnisse liegen nun vor. Die Plasmazellen sind negativ für CD 20, CD 22, CD30 und BRAF. c-MYC ist in etwa 50 % der Plasmazellen schwach bis mäßig stark nukleär exprimiert. Der Proliferationsindex (Ki-67) liegt innerhalb der Plasmazellpopulation bei ca. 20 %. Im übrigen vergleiche den Erstbericht]]></TEXT>
4<TAGS>
5<CellType spans="147~159" text="Plasmazellen" id="Ce0" cell="plasma cell" isTumor="Not mentioned"/>
6<PolaritySignal spans="165~172" text="negativ" id="P0" polarity="negative"/>
7<Expression spans="177~182" text="CD 20" id="E0"/>
8<Expression spans="184~189" text="CD 22" id="E1"/>
9<Expression spans="191~195" text="CD30" id="E2"/>
10<Expression spans="200~204" text="BRAF" id="E3"/>
11<Expression spans="206~211" text="c-myc" id="E4"/>
12<QuantitySignal spans="224~228" text="50 %" id="Q0" quantity="50%"/>
13<CellType spans="233~245" text="Plasmazellen" id="Ce1" cell="plasma cell" isTumor="Not mentioned"/>
14<ExpressionSignal spans="246~269" text="schwach bis mäßig stark" id="Ex0" expression_intensity="variable"/>
15<PolaritySignal spans="278~288" text="exprimiert" id="P1" polarity="positive"/>
16<CellType spans="342~362" text="Plasmazellpopulation" id="Ce2" cell="plasma cell" isTumor="Not mentioned"/>
17<Proliferation spans="371~375" text="20 %" id="Pr0" lowerValue="20%" upperValue="20%"/>
18</TAGS>
19<META/>
20</PathologyFindingsAnnotation>
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