Datasetpublic

IMI-HD/pathology-corpus-sample

This data set contains annotated samples of pathology nodes as described in our manuscript. They are part of the corpus that was used to train the models. We recommend using MedTator for viewing the files along with the dtd file published here.

sourceHugging Facecc-by-sa-4.0updated 1y agoView on Hugging Face

0likes47downloads

root01.xml

01.xml27 linesDownload Raw Back to root

1<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>2<PathologyFindingsAnnotation>3<TEXT><![CDATA[NACHBERICHT :                        In den ergänzenden Immunfärbungen zeigen die diffusen blastären Infiltrate eine homogene und kräftige Expression von CD20 und von CD10 in Abwesenheit von CD3, BCL-2 und TdT. Ihre Ki67-Proliferationsrate (MIB-1) beträgt mehr als 95% bis lokal annähernd 100%.  Abschließend zusammengefasst handelt es sich um eine diffuse Knochenmarksinfiltration durch die klinisch- anamnestisch bekannte B-Zell-Neoplasie, die sich am hier vorliegenden Material als ausgesprochen proliferationsaktives, aggressives B-Zell-Lymphom mit ausgedehnten Nekrosen darstellt. Begleitend eine geringgradige retikuläre Markfibrose, eine nahezu vollständige Verdrängung der ortsständigen Hämatopoese und eine deutliche Verdrängung des medullären Fettgehalts.  ]]></TEXT>4<TAGS>
5<CellType spans="91~100" text="blastären" id="Ce0" cell="blast" isTumor="Not mentioned"/>
6<CellAssociation spans="101~111" text="Infiltrate" id="C0" type="other"/>
7<ExpressionSignal spans="130~138" text="kräftige" id="Ex0" expression_intensity="strong"/>
8<PolaritySignal spans="139~149" text="Expression" id="P0" polarity="positive"/>
9<Expression spans="154~158" text="CD20" id="E0"/>
10<Expression spans="167~171" text="CD10" id="E1"/>
11<Expression spans="191~194" text="CD3" id="E2"/>
12<Expression spans="196~201" text="bcl-2" id="E3"/>
13<Expression spans="206~209" text="TDT" id="E4"/>
14<CellAssociation spans="357~381" text="Knochenmarksinfiltration" id="C1" type="other"/>
15<DiagnosisType spans="392~423" text="klinisch- anamnestisch bekannte" id="D0" type="clinical diagnosis"/>
16<MorphologicAbnormality spans="627~638" text="Markfibrose" id="Mo0" concept="fibrosis"/>
17<AmountSignal spans="602~615" text="geringgradige" id="A0" extensiveness="few" change=""/>
18<Hematopoiesis spans="695~706" text="Hämatopoese" id="H0" type="not specified"/>
19<AmountSignal spans="645~676" text="nahezu vollständige Verdrängung" id="A1" extensiveness="few" change=""/>
20<HematoDiagnosis spans="424~440" text="B-Zell-Neoplasie" id="He0" diagnosis=""/>
21<HematoDiagnosis spans="522~548" text="aggressives B-Zell-Lymphom" id="He1" diagnosis=""/>
22<PolaritySignal spans="175~186" text="Abwesenheit" id="P1" polarity="negative"/>
23<Proliferation spans="256~293" text="mehr als 95% bis lokal annähernd 100%" id="Pr0" lowerValue="95" upperValue="100"/>
24<PolaritySignal spans="325~340" text="handelt es sich" id="P2" polarity=""/>
25</TAGS>26<META/>27</PathologyFindingsAnnotation>